El municipio esta caracterizad
o como subtropical de montaña de acuerdo a la clasificación de Koppen, determinado por la presencia de altitudes mayores a los 1000 msnm. El registro de estos parámetros climáticos es de 12 años de 1990 a 2002, proporcionado por la estación de Jinotega. Se localizan tres zonas agro ecológicas: zona seca, zona intermedia y zona húmeda. De acuerdo a la clasificación Holdrige las características de estas áreas las reflejadas en el Cuadro No.1
Asimismo, estas zonas poseen tres tipos de bosques: bosques medianos a altos perennifolios de zonas frescas y húmedas; bosques medianos a altos perennifolios de zonas muy frías y húmedas; y bosques medianos a altos perennifolios de zonas muy frías y muy húmedas (neblí selva de altura), respectivamente.
El Municipio de Jinotega en su conjunto, tiene en promedio, precipitaciones equivalentes a 1050 milímetros al año, con temperatura anual de 23 grados Celsius y elevaciones de 1,115 metros sobre el nivel del mar.
Temperatura: la temperatura promedio en Jinotega oscila entre los 18 y 32º C.
Los meses de temperatura baja son diciembre y enero, las de temperatura alta desde febrero a julio.
Durante todo el año los vientos tienen una dirección constante de Norte a Sur, con una velocidad promedio entre 2.7 y 3.5m/seg.
Los valores máximos de humedad relativa ocurren en los meses de Julio con el 86% y en Agosto con 87.3% y sus valores mínimos en marzo con 63.5% y Abril con 67.2%.
La fauna silvestre incluye especies del gran grupo de los mamíferos, reptiles, avifauna y ornifauna. La actividad humana ha incidido en la deforestación y destrucción del hábitat de la fauna silvestre, afectando las poblaciones naturales de las siguientes especies: Cabro de Monte, Danto (Tapir americano), Jaguar (tigre), Pava (Chachalaca), Pavón, Tigrillo, Venado, Armadillos, Congos, Momos, Osos Hormigueros, Perezosos y Pizote, Lapa Roja, Loras, Querque, Tucán, Boa, Barba Amarilla, Coral Negro, Coral Rojo, Culebra Mica, Chocoya, Mata Buey, Ratonera, Tamagás, Víbora de Sangre y Zopilote; las que tienen importancia económica al ser fuentes de alimento y otros subproductos: aspas, pieles y plumas para la pequeña industria e industria artesanal.
Las especies con mayor calidad, cantidad y demanda de carne silvestre son: Guardatinaja, Guatusa, Cusuco, Cabro de Monte (Venado rojo), Venado cola blanca y Sahino.
En cuanto a vegetación el municipio cuenta con Bosque de pino abierto: Forestas que presentan asociaciones de pinares con o sin robles, con altura mayor de 5 mts y cobertura de copas máxima de un 70%, además contienen pastos.
Vegetación Arbustiva: Vegetación con arbustos y árboles menores de 5 mt de altura, se concentra en todo el departamento de Jinotega con un área de 192.48 Km².
Café de Sombra: Plantaciones de café con vegetación boscosa, sirve de protección al cultivo. La mayor concentración se da en el municipio de Jinotega con 392.93 Km².
Café sin Sombra: Plantaciones de café sin vegetación arbórea.
Maleza: Vegetación en una proporción de 70% con maleza y 30% con matorrales. Existe poca presencia en el Municipio de Jinotega.
Pastos con Maleza: Pastos cultivados descuidadamente con 60% de pastos y 40% de malezas. Este tipo de vegetación se presenta en todos los municipios del Departamento.
Pastos con árboles: Áreas empastadas, asociadas con vegetación arbórea con cobertura de copas menor del 40 %, se encuentran áreas significativas en el Municipio.
Pasto mejorado: Terrenos empastados con variedades mejoradas y limpias de malezas, las áreas más considerables se localizan en el municipio de Jinotega.
Cultivos Agrícolas: Cultivos anuales con o sin riego, incluyen además áreas con hortalizas
Bosque de Coníferas: Con una densidad de cobertura mayor del 70%, árboles de más de 5 mts., cubre una superficie de 79.09 Km² de bosques. La mayor concentración se encuentra en el municipio de Jinotega con 23.58 Km², En el departamento todavía se encuentran algunas áreas de bosques con especies caducifolias que tiene importancia forestal tales como: Aguacate Montero, Cedro Macho, Coyote, Chapermo, Chilamate, Elequeme, Gavilán, Guácimo, Jobo, Madroño Blanco, Sangregrado Blanco, Sangregrado Colorado.
Otra característica del bosque alto y bajo, es la gran cantidad de especies de maderas preciosas en proceso de extinción tales como: Areno, Camibar, Caoba, Guapinol, Maria, Palo de Agua, Pino Caribe, Pino Ocote, Pochote, Laurel Blanco, Nanciton y Roble.
Mi Linda Jinotega 